Pol Espargaro opende met een 2:00.940, maar Petrucci ging daar snel onderdoor en even later ook Scott Redding. De KTM mannen hebben het al heel het weekend erg lastig op Sepang. Espargaro was dan ook fel toen Van der Mark hem in zijn optiek ophield. Alex Rins stond na 12 minuten op P1 met een 2:00.144 gevolgd door Petrucci met een 2:00.351. De slotfase van Q1 zat nog vol met actie vangwege drie valpartijen. Michael van der Mark crashte als eerste waarna Loris Baz en Pol Espargaro volgden. Toch mocht de Spanjaard Espargaro samen met Rins door naar Q2 om opnieuw te gaan kwalificeren.
In Q2 zou worden gestreden om de poleposition op het Sepang International Circuit. Marc Márquez zette als eerste een tijd neer, maar in de laatste bocht schoof de regerend wereldkampioen onderuit. Johann Zarco de teamgenoot van Michael van der Mark reed een lage 2:00, maar Lorenzo was de eerste die een tijd in de 1:59 liet noteren. De 1:59.636 van Zarco die hij vervolgens klokte, was een moeilijke tijd om te verbeteren. Ook de snelste man van de ochtend Valentino Rossi leek er toch niet aan te pas te komen.
Andrea Dovizioso die dit weekend eigenlijk moet winnen om zijn titelaspiraties in leven te houden, stond lang op P7. Waar Cal Crutchlow op zijn plaat ging, gingen Dovizioso en Rossi ineens naar P1 en P2. In de slotseconden van sessie veranderde er veel. Johann Zarco zette de snelste tijd neer, maar de kleine Dani Pedrosa veroverde de pole met een 1:59.212. Rossi start morgen keurig als vierde met voor hem Andrea Dovizioso. Marc Márquez kwam niet verder dan P7 met direct voor hem Jorge Lorenzo.
